Et un « puissant Créateur » s'invite dans une revue scientifique

On sait la communauté des chercheurs très attachée à la notion d'intégrité scientifique et aux mécanismes internes censés la maintenir. Mais la dernière occurrence d'article retiré en catastrophe d'un journal innove en la matière et scandalise la communauté scientifique à plus d'un titre.

L'histoire commence le 23 janvier dernier, date à laquelle un respectable journal de biologie moléculaire, Proteomics, pré-publie sur son site internet un article intitulé « Mitochondria, the missing link between body and soul : Proteomic prospective evidence », c'est-à-dire Les mitochondries, le chaînon manquant entre le corps et l'âme : perspective de preuves protéomiques.

Les auteurs, Mohamad Warda et Jin Han, respectivement égyptien et coréen, le présentent comme une « review », c'est-à-dire un article de synthèse des données actuelles, sur les protéines des mitochondries, ces organites (structures intracellulaires) participant entre autres à la production d'énergie dans la cellule eucaryote.

Flagrant délit de créationnisme

Moins d'une semaine plus tard, Attila Csordas, biologiste de la Nouvelle-Orléans, met en ligne sur son blog une courte note expliquant que, bien qu'il n'ait pas eu accès au texte complet de l'article, le titre retenu son attention : on ne peut pas dire que l'âme fasse partie du vocabulaire biologique courant… Le résumé de l'article est lui aussi intriguant puisqu'il annonce des données permettant d'infirmer la théorie actuelle de l'origine des mitochondries au profit « d'une alternative plus réaliste ». Cette promesse suffit à surprendre : un article de synthèse ne sert normalement pas à apporter de nouveaux résultats ou des théories originales, mais à présenter et évaluer ceux déjà existant.

C'est le 7 février que l'affaire apparaît vraiment au grand jour, quand P.Z. Myers, professeur de biologie à l'université du Minnesota (Morris), entreprend de démonter l'article sur son blog à grande audience Pharyngula.

Il le décrit comme étant à 90% un exposé précis et correct de l'état des connaissances sur le sujet. Mais les dix pourcents restants sont une autre paire de manche. Entre deux paragraphe pleins de données techniques et consensuelles, les auteurs s'en prennent à la théorie endosymbiotique, pourtant communément admise et bien étayée, qui fait descendre les mitochondries de bactéries en symbiose à l'intérieur des cellules. Dans un anglais maladroit, ils expliquent l'alternative promise dans le résumé :

Plutôt que de sombrer dans un marécage de débats sans fin sur l'évolution des mitochondries, il est mieux de trouver une hypothèse unifiée. (…) Plus logiquement, les points qui montrent une ressemblance protéomique entre différentes formes de vie sont plus probablement interprétés comme le reflet une empreinte unique commune issue d'un puissant créateur, plutôt qu'en se basant sur une cellule unique qui est, de façon douteuse, à l'origine de toutes les autres sortes de vie. »

La marque d'un puissant créateur, sans plus d'arguments ni de données ? Voilà l'article pris en flagrant délit de créationnisme ! Après quoi, on repasse à l'analyse de résultats récents sur le métabolisme mitochondrial, comme si de rien n'était. Mais dans la conclusion, c'est bien la métaphysique qui reprend le dessus :

« De nombreuses controverses sont encore à résoudre (…). La réponse pourrait être la contribution des protéines du cytosquelette, ou la présence de transporteurs spécifiques, ou même des variations du pH, etc. Cela pourrait être vrai, mais nous avons toujours besoin de connaître le secret derrière cette sagesse disciplinée et organisée. Jusqu'ici, nous nous rendons compte que les mitochondries pourraient être le lien entre le corps et cette sagesse préservée de l'âme, consacrée à garantir la vie. »

Ce raisonnement fait rire jaune les lecteurs de Pharyngula : voilà qui est tellement facile ! Il n'y a pas à se préoccuper d'hypothèses qui pourraient être vraies mais qu'il faudrait tester, évaluer, comparer, puisqu'il suffit d'invoquer un « puissant créateur », source de cette sagesse disciplinée de nos mitochondries. Cela confère-t-il une âme à tous les porteurs de mitochondries, champignons, végétaux et protistes ? Les auteurs n'en pipent mot.

Un plagiat révélé par les internautes

Les internautes, au contraire, ont la langue bien pendue : deux heures après la mise en ligne de cette critique, l'un d'eux remarque que la différence de style entre les parties techniques et celles plus théologiques suggère un plagiat. Encore deux heures, et une première occurrence de plagiat est identifiée : un plein paragraphe, copié mot à mot.

Moins de 24 heures après la publication de l'analyse du professeur Myers, au terme d'une curée d'une redoutable exhaustivité, les commentateurs auront prouvé qu'au moins 20% de cet article de quinze pages est un collage de passages, tirés d'une demi-douzaine d'articles non crédités dans la liste de références.

Des courriers indignés sont envoyés aux auteurs de l'article et aux responsables de la revue, ainsi qu'aux victimes pillées par ces « copier-coller » intempestifs. Le lendemain, Proteomics annonce le retrait de l'article incriminé pour cause de « redondance substantielle de son contenu avec d'autres articles ». Il n'apparaîtra donc pas dans la version papier.

Face à cette levée de boucliers, la position adoptée par les deux auteurs diffère drastiquement. Pour l'un, contrition : dans une courte réponse à P.Z. Myers, Jin Han s'excuse platement, explique avoir envoyé par erreur une version antérieure non corrigée et jure qu'on ne l'y prendra plus.

Pour l'autre, véhémence : Mohamad Warda persiste dans ses opinions sur « la nature disciplinée de ce qui se passe dans nos cellules ». Il nie en bloc tout plagiat et maintient qu'il ne s'agit que d'un mauvais procès dû à l'hostilité soulevée par ses théories :

« Ils veulent nous détruire parce que nous disons la vérité. »

Il pousse même l'ironie jusqu'à se comparer à Galilée…

La faute au système d'évaluation par les pairs ?

Mais aujourd'hui, un mois après ce retrait, ce n'est plus aux auteurs, sérieusement décrédibilisés, que les blogueurs demandent des comptes : c'est à la revue.

Que des scientifiques peu scrupuleux profitent du nombre énorme d'articles publiés chaque mois pour parasiter les travaux de leurs collègues et concurrents, cela n'a rien de neuf, et l'on ne reprochera pas aux membres, souvent bénévoles, des comités de lecture de ne pas connaître mot pour mot toute la littérature publiée. La solution, si elle existe, viendra plutôt du développement de logiciels capable d'exploiter les banques d'articles disponibles, comme eTBlast.

Mais comment ces rapporteurs, censés contrôler la pertinence et la rigueur scientifique des manuscrits qui leur sont soumis, ont pu laisser passer des énormités aussi flagrantes, voilà ce que la communauté des chercheurs aimerait comprendre. Michael Dunn, directeur de la publication, a reconnu que des erreurs avaient été faites, et que le système de « peer-review » (évaluation par des pairs en comité de lecture) n'aurait pas dû laisser passer cet article. Il n'a toutefois pas fait de communication sur la nature des erreurs commises. Il lui faudra pourtant s'y résoudre, s'il tient à conserver la réputation de respectabilité de sa revue.

Car le système du « peer-review » constitue l'un des piliers des conventions académiques internationales, et les biologistes américains, pour beaucoup impliqués dans la réfutation des thèses créationnistes qui prospèrent aux Etats-Unis, comptent sur son intégrité pour maintenir une barrière hermétique entre la science et les théories métaphysiques comme l'Intelligent design, qui cache mal ses racines créationnistes.

Certes, ces internautes pas comme les autres, pour la plupart chercheurs en biologie, sont satisfaits d'avoir vérifié l'adage informatique qui veut qu'avec assez d'yeux toutes les erreurs soient évidentes. Mais malgré l'efficacité de ce travail collectif, tous s'accordent à reconnaître que leur vigilance ne devrait pas avoir à s'exercer sur des cas aussi caricaturaux, qui auraient dû être détectés immédiatement par le filtre de la revue. Ils appellent donc les publications à une rigueur accrue, sans toutefois remettre en cause la structure elle-même. Car, pour citer un commentaire fort churchillien : « le peer-review est le pire des systèmes, à l'exception de tous les autres »…